Trzynawowe wnętrze bazyliki kryje wiele osobliwości. Jedną z nich jest umieszczone nad bocznymi nawami tzw. matroneum – specjalne galerie, z których kobiety słuchały nabożeństw.
Najważniejszymi zabytkami bazyliki są:
XII-wieczny baldachim nad ołtarzem – jeden z najpiękniejszych we Włoszech, XI-wieczny tron biskupa Eliasza – z misternymi ażurowymi podłokietnikami oraz ołtarz św. Mikołaja – w całości wykuty w srebrze.
Wzrok przyciąga także figura świętego, przed którą stale widać modlących się mieszkańców Bari. Grobowiec ze szczątkami św. Mikołaja kryje krypta podzielona 26 kolumnami na trzy nawy.
Grobowiec ze szczątkami św. Mikołaja kryje krypta podzielona 26 kolumnami na trzy nawy.
Początek budowy bazyliki to sprowadzenie z Myry (lub Miry) relikwii św. Mikołaja 9 maja 1087r. Na początku XI wieku Myra wpadła w ręce muzułmanów, a Święty Mikołaj stał się celem przetargów między wpływowymi osobistościami Bari i Wenecji, które konkurowały handlowo z Orientem. Kupcom zależało na relikwiach świętych nie tylko z powodów duchowych i wizerunkowych, ale również, a może przede wszystkim z powodu pieniędzy, ponieważ obecność świętego w mieście przyciągała pielgrzymki, wzmacniała jego pozycję, przynosiła dochód i rozwój ekonomiczny. Według jednego z podań, św. Mikołaj sam wybrał Bari na miejsce swojego wiecznego spoczynku, gdy przybył do miasta podczas którejś z podróży. Jego szczątki trafiły jednak do Bari dopiero 700 lat po śmierci.
Święty Mikołaj, o którym mówi się czasami, że to jest święty od wszystkiego, to prawdopodobnie najbardziej czczony święty na przestrzeni dziejów Kościoła. Dzisiaj nie tylko popadł w zapomnienie, ale jeszcze przedstawia się go jako zupełnie kogoś innego. Św. Mikołaj został skomercjalizowany na wszystkie możliwe sposoby i nie przypomina nam świętego biskupa, który czynił niezliczone cuda i czyni je do naszych czasów, ani hierarchy uczestniczącego w Pierwszym Soborze Powszechnym, którego podpis figuruje na dokumentach soborowych. Na szczęście św. Mikołaj w Bari nie popadł w zapomnienie, wręcz przeciwnie. Co roku odbywają się tam liczne uroczystości związane z rocznicą przypłynięcia relikwii, trwające miesiąc. Najważniejsze obchody rozpoczynają się 7 maja – po uroczystej Mszy św. ulicami miasta przechodzi barwny korowód uczestników poprzebieranych w historyczne stroje. 8 maja dwumetrowa figura Mikołaja, która raz w roku opuszcza bazylikę, podczas uroczystej procesji zanoszona jest na ramionach wiernych do portu, gdzie umieszcza się ją na specjalnie przygotowanym ołtarzu, wspartym na dwóch łodziach rybackich.
Łodzie wypływają w morze, gdzie następnie przypływają na łódeczkach chętni do modlitwy. Zazwyczaj są to pracujący na morzu i ich rodziny, chcące w ten sposób poprosić o błogosławieństwo i opiekę – relikwiom przypisywano cudowną moc przynoszenia szczęścia żeglarzom. Wieczorem św. Mikołaj wraca na ląd wśród wybuchów sztucznych ogni i w otoczeniu świętujących wiernych przenoszony jest z powrotem do krypty. Świąteczna atmosfera trwa do 22 maja, który jest odpowiednikiem 9 maja w kalendarzu juliańskim, obowiązującym wiernych obrządku prawosławnego.
Żywe są w obu tradycjach – wschodniej i zachodniej – opowieści o dobroci św. Mikołaja, która nie skończyła się wraz z jego życiem. Po śmierci z ciała Mikołaja zaczęła wypływać manna – pięknie pachnąca substancja o leczniczych właściwościach. Legendy głoszą, że urna z ciałem św. Mikołaja w Myrze była pełna tej manny. Po przeniesieniu relikwii do Bari zjawisko nie ustało. To trudny do wytłumaczenia fenomen, nad którym przeprowadzono wiele badań, w wyniku których m.in. wykluczono możliwość przedostawania się wody z zewnątrz. Perłowy płyn wydobywający się z kości świętego jest relikwią.
Od 1980 r. podczas dorocznej uroczystej Mszy św. w święto przeniesienia relikwii, 9 maja, rektor bazyliki w obecności arcybiskupa Bari przez otwór w sarkofagu specjalną chochlą pobiera ok. 3 szklanek tej manny. Następnie biskup błogosławi zebranych wiernych ampułką, która zawiera drogocenny płyn.
Pielgrzymi przybywający do Bari mogą zabrać relikwię w małej ampułce – stanowi ją niewielka ilość cudownej substancji rozpuszczona w wodzie święconej. Jest ona stosowana z wiarą jako napój lub do pokropienia chorych części ciała. Nie brak chętnych do zabrania relikwii. W długiej kolejce przykościelnego sklepiku zgodnie stoją katoliccy księża i brodaci wschodni duchowni, pątniczki z Zachodu i skromne prawosławne babuszki w chustkach na głowie – wszyscy po mannę Mikołaja, świętego i cudotwórcy. A my pielgrzymując do św. Mikołaja w kwietniu, natrafiliśmy przed Bazyliką na stojący w rogu placu pomnik przedstawiający św. Mikołaja będący darem Kościoła rosyjskiego i przekazany Bari w 2003 roku osobiście przez… Władimira Putina!
Mówi się, że Św. Mikołaj to najbardziej zapracowany święty – jest patronem m.in. panien na wydaniu, dziewic, piekarzy, żeglarzy, mieszczan, ubogich, dzieci, uczniów, rolników, piwowarów, młynarzy, literatów, uczonych, sędziów i jest też patronem pojednania Wschodu i Zachodu.
Jan Paweł II nazwał świętego Mikołaja patronem daru człowieka dla człowieka.
Św. Mikołaj urodził się w Patras w Grecji ok. 270 r. w zamożnej rodzinie. Był jedynym dzieckiem bardzo wymodlonym przez rodziców i w młodzieńczym wieku osieroconym, kiedy jego rodzice zmarli podczas zarazy. Krążą legendy, że od poczęcia objawiał już świętość.
Od młodości wyróżniał się nie tylko pobożnością, ale także wrażliwością na niedolę potrzebujących, a po śmierci rodziców chętnie dzielił się z potrzebującymi swoim znacznym majątkiem. Tak np. ułatwił zamążpójście trzem córkom zubożałego szlachcica, podrzucając im skrycie pieniądze. O tym wydarzeniu wspomina Dante w swoim eposie. W spisanym w pierwszej połowie IX wieku żywocie autorstwa archimandryty Michała pojawiła się ta popularna legenda o trzech córkach.
Zgodnie z jej wersją z IX wieku, młody Mikołaj, jeszcze przed wyborem na biskupa, miał chciwego i bogatego sąsiada, który drwił z pobożności świętego. Bóg ukarał sąsiada i sprawił, że stracił majątek oraz popadł w skrajną biedę. Gdy nie miał już z czego utrzymać rodziny, postanowił sprzedać swoje trzy córki do domu publicznego, ponieważ nikt nie chciał ich poślubić bez otrzymania stosownego posagu. Mikołaj, po długich rozważaniach tekstów Pisma Świętego i modlitwie, postanowił uratować cnotę dziewcząt. Trzykrotnie, pod osłoną nocy, wrzucał przez okno pieniądze przeznaczone na posag dla każdej kolejnej siostry. Gdy sąsiad wyprawił już dwa wesela, postanowił dowiedzieć się, skąd biorą się tajemnicze pieniądze. Czuwał całą noc i ze zdumieniem odkrył, że to pogardzany przez niego Mikołaj wrzuca po raz trzeci pieniądze przez okno. Podziękował mu zawstydzony i postanowił zmienić swoje życie na zgodne z przykazaniami.
Po pielgrzymce do Ziemi Świętej Mikołaj dołączył do zakonników w Patras. Wkrótce wewnętrzny głos nakazał mu wrócić między ludzi. Opuścił klasztor i swe rodzinne strony, by trafić do dużego miasta Myry, Miry (obecnie Demre) – starożytnego miasta we wschodniej Licji, w południowo-zachodniej części współczesnej Anatolii (Turcja).
Był to czas, gdy chrześcijanie w Myrze przeżywali żałobę po stracie biskupa. Niełatwo było wybrać godnego następcę. Pewnej nocy jednemu z obradujących dostojników kościelnych Bóg polecił we śnie obrać na wakujący urząd człowieka, który jako pierwszy przyjdzie rano do kościoła. Człowiekiem tym okazał się nieznany nikomu Mikołaj. Niektórzy bardzo się zdziwili, ale uszanowano wolę Bożą, a biskup Mikołaj pełnił swoją służbę ofiarnie i z całkowitym oddaniem. Podbił serca wiernych nie tylko gorliwością pasterską, ale także troskliwością o ich potrzeby materialne. Cuda, które czynił, przysparzały mu jeszcze większej chwały. Kiedy cesarz Konstantyn I Wielki skazał trzech młodzieńców Miry na karę śmierci za jakieś wykroczenie, nieproporcjonalne do aż tak surowego wyroku, św. Mikołaj udał się osobiście do Konstantynopola, by uprosić dla swoich wiernych ułaskawienie.
O Mikołaju krążyły opowieści, że pojawiał się nad wzburzonym morzem, by uśmierzyć sztormy i ratować żeglarzy, mnożył zboże dla głodnych, wstrząsał sumieniem złodziei, nawracał pogan, wskrzeszał i oddawał rodzicom tragicznie zmarłe dzieci. Tę działalność przerwały Edykty cesarza rzymskiego Dioklecjana wymierzone przeciw chrześcijanom, w wyniku których wyznawców Jezusa uczyniono obywatelami drugiej kategorii i zabroniono im sprawowania obrzędów religijnych. Rozpoczęły się prześladowania chrześcijan i do lochu na wiele lat trafił również Mikołaj.
Św. Mikołaj, jak na tamte czasy, żył bardzo długo, bo ponad 70 lat, a zmarł między rokiem 345 a 352, natomiast wiadomy jest dzień jego śmierci 6 grudnia i podobno w chwili śmierci Świętego ukazały się anioły i rozbrzmiały chóry anielskie.
Maja znalazła sensacyjną informację, że w Demre w Turcji, gdzie znajduje się kościół pod wezwaniem Świętego Mikołaja zbudowany na murach kościoła z wczesnego średniowiecza, tureccy badacze w 2017 r. natrafili pod kościołem na właściwy, w ich przekonaniu, grobowiec świętego. Naukowcy prowadząc elektroniczne badania podziemi kościoła, natknęli się na niespodziewane przerwy pod fundamentami, których nie było na planach świątyni. Twierdzą, że znaleźli sarkofag kilka metrów pod ziemią, do którego udało się dotrzeć specjalną sondą z kamerą. Na wydobycie sarkofagu trzeba będzie jednak poczekać, ponieważ aby wyciągnąć go na powierzchnię i dokładnie zbadać, trzeba najpierw rozebrać bezcenną podłogę kościoła z mozaiką, co będzie mozolnym procesem.
Sobór watykański II zarządził w 1962 roku rewizję kultu świętych w Kościele katolickim. Powołano komisję złożoną z teologów i historyków, która miała zaproponować usunięcie świąt tych postaci, których istnienia nie sposób było udowodnić. Zakwestionowała ona historyczność Mikołaja, co wywołało ożywioną dyskusję, w której znaczna część hierarchii i wiernych stanęła w obronie kultu świętego. Papież Paweł VI zdecydował się na rozwiązanie kompromisowe. W opublikowanym w 1969 roku Calendarium Romanum zniósł święto 6 grudnia i postanowił, że tego dnia będzie obchodzone tzw. wspomnienie dowolne, czyli „módl się do św. Mikołaja wg swojego uznania”. No i tak właśnie robią miliony dzieci prawie w całym zachodnim świecie.
W Polsce jest 327 kościołów pod wezwaniem św. Mikołaja, a największe sanktuarium mieści się w Pierśćcu na Śląsku Cieszyńskim.